История АЙКИКАЙ Хомбу Додзё, известного также как Всемирный Центр Айкидо, началась в апреле 1931 года, когда Морихэй Уэсиба открыл при поддержке влиятельных друзей собственную школу в токийском районе Усигомэ (ныне Синдзюку).

В то время Морихэй практиковал Айки-будо, а на церемонии освящения новый зал на 80 татами нарекли Кобукан. Однако чаще о нём упоминали как об "Адском додзё в Усигомэ", и столь колоритная характеристика как нельзя лучше отражала исключительно высокую степень интенсивности тренировок той поры. Утидэси, "живущие при школе ученики", спали в додзё, заботились о поддержании чистоты, выполняли другие домашние работы и прислуживали Морихэю. Систематических денежных взносов в то время не было, и каждый ученик сам предлагал форму оплаты в виде денег, продуктов или личного трудового вклада.

Период Айки-будо, который завершился в годы Второй Мировой войны, часто называют "Золотым веком" в истории айкидо. Искусство Морихэя приобретает популярность в столице, его показательные выступления вызывают искреннее восхищение императора Хирохито и сановных особ. Основатель преподаёт в академии Тояма, Военно-морской и Военно-полицейской академиях, Военно-штабном колледже. В Кобукане обучались аристократы и придворные, высокопоставленные чиновники и военные, представители творческой интеллигенции и бизнесмены, а среди молодежи преобладали специалисты по дзюдо или кендо. Принимались далеко не все желающие: требовались рекомендации двух заслуживающих доверия поручителей, и, кроме того, Морихэй лично беседовал с каждым претендентом, обращая внимание прежде всего на его духовные качества, а не на социальный статус.

Имена довоенных учеников Кобукана, таких как Риндзиро Сирата, Кэндзи Томики (Томики Айкидо), Годзо Сиода (Ёсинкан Айкидо), Минору Мотидзуки, Нориаки Иноуэ, Коити Тохэй (Синсин ТоицуАйкидо), Кисабуро Осава,- стали легендарными.

В 1942 году, в разгар Второй Мировой войны, Морихэй Уэсиба оставляет все занимаемые им официальные посты и удаляется в местечко Ивама (префектура Ибараки). Здесь, вдали от назойливого внимания официальных властей, подчинивших сферу будо милитаристским целям, он занимается земледелием, много часов проводит в молитвах, продолжает вести поиски силы, которую несет истина, достигает высшего уровня духовного сознания и, по собственному признанию Основателя, доводит до совершенства свое искусство.

В том же году представитель Кобукана достигает договоренности с Дай Нихон Бутокукай о переименовании искусства Уэсибы в айкидо и официально регистрирует это название в Министерстве Просвещения, что ставит айкидо в один ряд с дзюдо, кэндо, кюдо и другими подобными дисциплинами.

Кобукан продолжал функционировать под руководством Киссёмару Уэсибы, сына Основателя, и в первые послевоенные годы в школу вступили многие представители следующего поколения мастеров, в том числе Сэйго Ямагути, Садатэру Арикава и Хироси Тада. Однако регулярные занятия не проводились: многие ученики были призваны на военную службу, а само помещение стало прибежищем для нескольких местных семей, потерявших кров в результате бомбардировок Токио. Регулярная практика в токийском додзё возобновилась в 1949 году, после отмены введённых оккупационными властями ограничений на занятия воинскими искусствами. По мере улучшения экономической и социально-политической обстановки в течение последовавших десяти лет движение айкидо также приобретало иной характер. Киссёмару убедил своего отца в необходимости представить искусство айкидо миру.

Прежде всего, занятия стали общедоступными, и потенциальному ученику уже не требовалось рекомендации, чтобы переступить порог школы. Более того, вплоть до 1956 года практиканты Хомбу Додзё часто устраивали в различных местах, в том числе в иностранных посольствах, показательные выступления по айкидо, стараясь привлечь новых учеников. К этому времени в Хомбу уже используется принятая в дзюдо система степеней Кю-Дан.

Другим важным фактором стало предоставление айкидо легального статуса, поскольку Кобукан постепенно стал фактически штаб-квартирой для сети дочерних школ, соединенных с центром только личными связями между Уэсибой и его учениками.

В конце 50-х годов Основатель делил своё время между Ивама и Токио, стал чаще выезжать в различные районы Японии, где читал лекции о принципах айкидо и обучал его техникам, продолжая в то же время постоянно совершенствоваться духовно и оттачивать свою технику айкидо.

Кончина Основателя в апреле 1969 года ознаменовала завершение целой эпохи в истории айкидо. Киссёмару сменил своего отца и в качестве Второго Досю продолжал руководить организацией АЙКИКАЙ. В стенах Хомбу Додзё появились представители нового поколения преподавателей из числа утидэси первой половины 60-х годов:Тэцутака Сугавара, Мицуги Саотомэ, Норихико Итихаси, Масандо Сасаки, Сидзуо Имаидзуми, Сэйсиро Эндо и другие.

К. Уэсиба традицию.Преподавательский состав пополнился молодыми мастерами: Масатоси Ясуно, Йтиро Сибата (в настоящее время преподает в США), Сёдзи Сэки, Цурудзо Миямото, Ёсиаки Ёкота, Хаято Осава. Они приняли на себя часть преподавательских обязанностей в Хомбу Додзё и часто выезжают проводить семинары за рубежом. В эти же годы Ясуо Кобаяси начал создавать в рамках организации АЙКИКАЙ сеть залов, известную сейчас как Кобаяси Додзё и объединяющую около восьмидесяти школ айкидо.

Таким образом, в дополнение к уже обозначенным выше аспектам, здание в Вакамацу-тё является также штаб-квартирой МФА, которая, формально оставаясь демократической организацией, фактически контролируется высшим руководством АЙКИКАЙ Хомбу Додзё.